La primera incursión realizada en el territorio por europeos, fue a partir de 1499 por una expedición iniciada el 18 de mayo de ese mismo año, por Juan de la Cosa donde también participaron Alonso de Ojeda y Martín Fernández de Enciso. Los mencionados anteriormente, recorrieron las costas de la península de La Guajira y pensaron que era una isla, a la que llamaron Coquivacoa.
Los territorios que hoy conforman el departamento La Guajira estuvieron integrados a los virreinos coloniales del Perú y Nueva Granada; y por las provincias de Tierra Firme, Santa Marta y Río del Hacha. Su principal actividad económica fue la pesquería de perlas; y los hechos que marcaron su historia fueron las diversas rebeliones de pueblos nativos que se resistían a ser dominados y los múltiples palenques de fugitivos que estuvieron esparcidos por el centro y sur territorio.
El dominio colonialista europeo en el departamento inició en 1502 y finalizó en 1820. Las autoridades coloniales españolas no lograron consolidar su dominio en todo el departamento, por lo que parte del centro y todo el norte, asimismo la sierra Nevada y la serranía del Perijá, no estuvieron sujetas a la jurisdicción de los europeos colonialistas.
Gobernación de Coquibacoa
Alonso de Ojeda logró convencer a los reyes castellanos y así capituló los territorios que exploró. Los reyes crearon la Gobernación de Coquibacoa en 1502 y nombraron a Ojeda como gobernador, quien de inmediato fundó el 3 de mayo del mismo año, un pequeño poblado colonial de nombre Santa Cruz que sería el primer asentamiento de colonos españoles en Suramérica.
El pequeño pueblo quedaba ubicado en la laguna Castillete, nombrada así por los colonos, la cual abastecía de agua a los habitantes. La economía consistía en la caza y explotación de madera seca, pero la principal era la extracción de perlas que era hecha por los nativos de la zona bajo la fuerza; y fue esta situación la que obligó a los pobladores americanos a expulsar a los invasores colonos del sitio y destruir el asentamiento.2 Esta gober-nación colonias constituyó en el departamento La Guajira las zonas costeras del golfo de Venezuela y el mar Caribe, hasta el cabo de La Vela.
Los reyes castellano la disolvieron en septiembre de su mismo año fundacional,2 por lo que su efímera existencia sólo duró aproximadamente tres meses.
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